Πολιτική της ΕΚΑΠΥ είναι η εκπλήρωση των αρμοδιοτήτων της, η παροχή υπηρεσιών υψηλής ποιότητας προς τους ωφελούμενους και την εν γένει κοινότητα στο χώρο της υγείας, η έγκαιρη παροχή ασφαλών και αποτελεσματικών φαρμάκων και υλικών στους ασθενείς και η πλήρης ικανοποίηση των απαιτήσεών τους μέσα από ένα οργανωτικό περιβάλλον που προάγει την ποιότητα.
Βασικός στόχος είναι η διατήρηση και συνεχής βελτίωση της αποδοτικότητας και της αποτελεσματικότητας του Συστήματος Διαχείρισης Ποιότητας και η συμμόρφωση με τη σχετική Νομοθεσία και το πρότυπο EN ISO 9001:2015.
Στα πλαίσια της Πολιτικής Ποιότητας, η Διοίκηση καθορίζει βασικούς αντικειμενικούς σκοπούς, που ανασκοπούνται κατά τακτά διαστήματα και που αποβλέπουν στη:
Για την υλοποίηση της Πολιτικής Ποιότητας η ΕΚΑΠΥ δεσμεύεται να λειτουργεί με τις παρακάτω αρχές :